L’institution est née en 1943 d’une initiative privée empreinte de valeurs chrétiennes pour devenir une fondation reconnue d’intérêt public en 1961. Initialement organisée comme une communauté thérapeutique, elle va progressivement se professionnaliser, se transformer en une clinique psychiatrique conventionnée avant de devenir l’Hôpital psychiatrique du Secteur de l’Est vaudois en 1968.
Au début des années 1980, après une réflexion approfondie sur l’histoire de la psychiatrie vaudoise et ses perspectives, le Service de la Santé Publique vaudois propose à l’institution de se charger de l’ensemble de la psychiatre publique de l’Est vaudois.
Ainsi, dès 1985, la Fondation de Nant devient le Secteur psychiatrique de l’Est vaudois et continue d’étoffer son dispositif, fidèle à ses valeurs humanistes et son référentiel théorique psychanalytique. Elle coordonne son activité avec les trois autres secteurs psychiatriques vaudois regroupés au sein du Département de Psychiatrie du CHUV sous l’égide du Service de la Santé Publique.